En 1595, lors de sa campagne dévastatrice en Franche-Comté, Henri IV ordonna le siège de la ville de Poligny les 12 et 13 août. Il installa sont armée forte de plus de 5000 hommes dans les faubourgs et sur la plaine de Tourmont.
Pour se ravitailler et s’enrichir, ses soldats pillèrent tous les villages alentours et massacrèrent les populations. Certains villages furent totalement brûlés.
Brainans ne fut pas épargné par cette catastrophe et il est fort possible que ce fut la cause principale de la disparition de plus de 60% de sa population en cette période (Cf : voir l’étude sur l’évolution des patronymes des familles de Brainans que nous publions dans le menu : /Le temps passé/Les patronymes de Brainans).
